קבוצות דתיות בגרמניה רשאיות לפעול בצורות חוקיות שונות הפתוחות הן לקהילות דתיות והן לקהילות לא דתיות, החל מהתאחדויות ״אידיאליסטיות״ ללא כוונת רווח ועד לתאגידים ציבוריים. ארגוני הסיינטולוגיה בגרמניה רשומים בצורה חוקית כהתאחדויות אידיאליסטיות ללא כוונת רווח, המצהירות בבירור על היעדים הדתיים שלהן, ומכאן, המעמד הרשמי החוקי שלהן אינו שונה מהרבה קהילות דתיות מוכרות אחרות, כגון בודהיסטים, יהודים, הינדים, קווייקרים, עדי יהווה וחברי הדת הבהאית.
במהלך שלושת העשורים האחרונים בית-המשפט הגרמני — בכחמישים החלטות — החליט שארגון הסיינטולוגיה והחברים בו ייזכו להגנה של חופש הדת המובטח על-ידי סעיף 4 של החוק הבסיסי (החוקה) של גרמניה. *
לדוגמה:
- בתביעה של הופ נגד ארגון הסיינטולוגיה של המבורג (פסק דין מה-5 בינואר 1998, תיק מס׳ 330 O 169/97), בית-המשפט העליון של המבורג הכיר בכך שארגון הסיינטולוגיה ״מוכר בתור קהילה דתית״, וזוכה להגנה של סעיף 4 של החוקה.
- בתביעה של קרוגר נגד העיר המבורג, שהתייחסה לפעילות של ״סינון כתות״ על-ידי העיר המבורג, בדרישה ששותפים עסקיים יצהירו שאין להם שום מעורבות עם סיינטולוגיה, גם בית-הדין האדמיניסטרטיבי לערעורים של המדינה בהמבורג (פסק הדין מה-17 ביוני 2004, תיק מס׳ 1 Bf 198/00) וגם בית-המשפט הפדראלי האדמיניסטרטיבי העליון, בערעור על הנקודות של החוק (פסק הדין הסופי מה-15 בדצמבר 2005, תיק מס׳ 7 C 20.04) פסקו ש-״התובעת, על פעילותה כסיינטולוגית, יכולה לתבוע הגנה דתית או פילוסופית בהתאם לסעיף 4, פסקה 1 של החוקה הגרמנית״. בהסתמך על פסיקה זו, בתי-המשפט אסרו על העיר המבורג להשתמש בסינון כתות.
בתי-המשפט הגרמניים הכירו שסעיף 4 של החוקה הגרמנית, בנוגע לחופש האמונה, מצפון ועיקרי אמונה חל על סיינטולוגים וארגון הסיינטולוגיה.
״מרבית מהרעיונות של ארגון הסיינטולוגיה עוסקים בתוכן טרנסצנדנטלי, בעמדה ובמשמעות של האדם בעולם. אם מאמינים בתורות
של ל. רון האברד בנוגע לנשמה נצחית בתור הגל הנושא
של אנרגיית החיים (תטה) ובנוגע לתטן ובנוגע לקשר של העולם החומרי
שמצוין בתור MEST, ובנוגע לנתיבה של הנפש דרך אינספור תקופות חיים,
ואם הנתיב לרמות גבוהות יותר של הקיום (קליר ו-[OPERATING] תטן)
מזכירות לאדם רמות של גאולה, שמזדהים איתן,
אזי אלו המאפיינים של אמונה פילוסופית או עדה דתית.״