המבנה של המסר הרוחני מתפתח ממערכת מורכבת של נושאים. המסר מכוון באופן אישי לכל אדם, ובכל שלב רשמי של הנתיב – ה-'גשר' – הנושאים של המסר צוללים לעומקים חדשים ולכיוון של שלמות הולכת וגדלה.
העיסוק של אלו החברים במסדרים דתיים מקבל רמה עמוקה יותר של התבוננות על פני נושאים נפרדים של מסרים מיוחדים. מספר מסדרים נוצריים עוסקים במדיטציה מוגברת סביב אירועים מכוננים מחייו של ישו הנוצרי. המטרה של מדיטציה בנושאים שונים ובחלקים של חיי ישו היא שינוי פנימי וטיהור של זה שעובר מדיטציה והתמסרות לידיו של ישו. עיסוק אישי מקביל קיים במספר מסדרים של הכת הסופית. ניתן למצוא דוגמאות דומות בהרבה תרבויות דתיות. תנאי משותף אשר הופך נתיב של טיהור ושינוי פנימי לאפשרי הינו מבנה מיוחד של נושאים במסר הרוחני.
נבודד שני נושאים המאפיינים את המסר הרוחני של סיינטולוגיה.
I.III. הנפילה של האדם, המודעות לנפילה (קטסטרופה), שינוי עצמי: מסעו האישי של הגיבור
נפילת האדם מקבלת התייחסות של קטסטרופה אוניברסלית אשר גרמה לאדם לשכוח את העצמי האמיתי, העוצמתי והאינסופי שלו. העצמי העוצמתי בעל הכוחות האינסופיים אשר יצר מרחב וזמן שקע לתוך תלותיות ביצירות שלו עצמו. הנושא המרכזי אשר משתנה בצורה מגוונת במסר הרוחני של סיינטולוגיה הינו: "היוצר אשר שועבד ליצירות שלו עצמו ואיבד את החופש שלו". המודעות של האובדן הזה היא באותו זמן הצעד הראשון לשחרור. מכאן נובע הצורך למודעות לכל האסונות אשר נחוו במשך מיליוני שנות קיום. הדרישה לתפוס מיליוני שנים כקיום האישי של האדם הינה טיפוסית.
המאפיין השני של הנושא של נפילה-מודעות-שחרור הוא הדימוי ההרואי שלו במסר של סיינטולוגיה. התדמית ההרואית אומרת כי החיפוש עבור העצמי העוצמתי החדש והנצחי היא בראש ובראשונה תוצאה של מאמצים אישיים של האדם שהולך בנתיב – חוצה את ה-'גשר'. במקור וביסודו של דבר, האדם טוב ביסודו – זהו אחד העקרונות הבסיסיים של עיקרי האמונה של סיינטולוגיה. יש להדגיש לשם ההשוואה שעמדה זו אשר מבוטאת בצורה ברורה, הינה מנוגדת בצורה ישירה למסר הנוצרי אשר מתעקש על נזק וחטאים בטבע האדם מההתחלה ועל חוסר האפשרות של תיקון על-ידי מאמצי אנוש. (ניזכר בנוסחה: כפי שהנמר לא יהפוך חברבורותיו, ועץ עקום לא יוכל להתיישר, זה בלתי אפשרי להיפטר מהחטא המקורי ומהטבע המעוות בעזרת מאמץ אישי כלשהו). ראיית האדם כגיבור – האמונה שאדם הוא טוב ביסודו ויכול בעזרת מאמציו האישיים ועזרה אנושית ממורים ועיסוק מיוחד לחזור למצבו העוצמתי המקורי – נחשבה מבחינת הנצרות לעבודת אלילים. בלי להיכנס לדיון מפורט לגבי ההבדלים בין המסר הנוצרי והסיינטולוגי, יש לתת תשומת לב להבדלים הללו כאחד מהמקורות של קשיי ההפצה של המסר הסיינטולוגי בתרבויות בהן הנצרות כבר נוכחת באופן נרחב.
לצורך הניתוח שלנו, ההשוואה חשובה על מנת להדגיש את הדבר הבא: הנפילה, המודעות לנפילה, והשחרור מקבלים יחס כמו המסע האישי של הגיבור אשר חוצה את ה-'גשר' לשחרור אישי מלא. עיסוק ממושך אשר מוביל למודעות של תקופה ארוכה של קיום אישי (והיזכרות בעצמי של האדם) בן מיליוני שנים והנתיב האישי (מסע) של הגיבור עומדים בניגוד למסע האישי והמודעות העצמית האישית הקיימת במסר הנוצרי. התכנים במסר הסיינטולוגי ממומשים בזמן הטקס הדתי אשר גם לו יש מבנה סביב התוכן.
II.III. וידוי, הבנה עצמית, גאולה:
הנתיב של שירות דתי
עבור סיינטולוגיה, בדומה לכל תרבות דתית חזקה ולכל מסדר דתי, הדרשה היא אלמנט חשוב בשירות הדתי. עם זאת, אנו לא מוצאים בסיינטולוגיה את המרת הדת המאפיינת הרבה דתות מסורתיות. להפך, סיינטולוגיה היא אחת מהדתות הבודדות אשר מאפשרת למאמיניה לעסוק בדת אחרת. עם זאת, סיינטולוגיה היא דת שלמה וחבריה עוסקים בסיינטולוגיה בלבד, ללא אמונות נוספות. כמה מהם מחזיקים חברות בדת נוספת בעיקר מסיבות משפחתיות, חברותיות או תרבותיות. זאת הסיבה שווידוי – עדות של החוויה האישית של האדם – מאפיין שירות בסיינטולוגיה כשהוא מתייחס לעולם החיצוני, ביחד עם דגש תמידי על ההיבטים הרציונליים של החוויה האישית.
סיינטולוגיה היא אחת מהדתות הבודדות אשר מאפשרת למאמיניה לעסוק בדת אחרת. עם זאת, סיינטולוגיה היא דת שלמה וחבריה עוסקים בסיינטולוגיה בלבד, ללא אמונות נוספות.
הרציונליות של הווידוי מציעה טכניקה של תפיסה עצמית אשר פותחה בצורה מפורטת וחשוב יותר, אשר עוסקים בה: הבנה של אדם את עצמו כאינדיבידואל בעל חוויה אישית של הגורל של עצמו כמשהו הממשיך למשך מיליוני שנים; והבנה של אדם את עצמו כנצחי וכול יכול.
וידוי והבנה של העצמי מביאים לגאולה. גאולה מובנת כמודעות יציבה לטבע האמיתי של האדם והסרת כל המחסומים הרוחניים (אנגרמות) אשר חוסמים את המודעות הנכונה של העצמי הנצחי והכול יכול, כלומר גאולה היא הפיכה למודע ומציאת הזהות הרוחנית של האדם.
המבנה של המסר הרוחני של כל תרבות דתית מנסה לתקן הבנה רק בהקשר של הבנה של האבסולוטי. דבר זה מביא אותנו לנושא של החייאת מושג ה-'אבסולוטי' אשר מאפיין את סיינטולוגיה.
