חופש הדת וסובלנות דתית תמיד היו עקרונות חשובים בלב לבה של סיינטולוגיה. בעיקרי האמונה של סיינטולוגיה מה-18 בפברואר 1954, שנכתבו על-ידי ל. רון האברד, המייסד של דת הסיינטולוגיה, נאמר:
אנו, בני הדת, מאמינים: שלכל בני האדם יש זכויות שלא ניתן לשלול מהם לבחור את התחומים הדתיים שלהם ולעסוק בהם.
בכתבים ובהרצאות שלו מר האברד עסק לעתים קרובות בקידום חופש הדת ובהגנה עליו, ובסובלנות דתית לחברי כל הדתות. למשל, בספרו 'הדרך אל האושר', התקנון המוסרי החילוני שהוא יצר, הוא כתב:
העצה הבטוחה ביותר שאדם עשוי לתת לאחר בנושא הזה תהיה זאת שפשוט תקבע את זכותו של אדם להאמין במה שהוא בוחר. אדם חופשי להציג את אמונותיו כדי שיסכימו עליהן. הוא נמצא בסכנה כשהוא רוצה לתקוף את אמונותיהם של אחרים, ונמצא בסכנה הרבה יותר גדולה כשהוא תוקף אותם ורוצה לפגוע בהם בגלל אמונותיהם הדתיות. [1]
כמו כן, במהלך קיומה, סיינטולוגיה היתה מעורבת בפעילויות כדי לקדם ולהגן על חופש הדת ברחבי העולם עבור כולם. סיינטולוגים מסורים לעיקרון הזה כפי שמעידה התחייבות שלהם "לתמוך בחופש הדת" למען "טובת הכלל".[2]
[1] 'הדרך אל האושר', 18, ל. רון האברד, 1981. ראה http:www.thewaytohappiness.org/thewaytohappiness/precepts/respect-the-religious-beliefs-of-others.html.
[2] 'תקנון הסיינטולוג',¶ 12.
