הכנסייה המייסדת של סיינטולוגיה הוקמה כאגודה דתית בוושינגטון די-סי, ב-21 ביולי 1955 עבור "הפצת האמונה הדתית הידועה בשם סיינטולוגיה, וכדי לפעול כמקום התכנסות עבור סגידה דתית של אמונה זו". במשך שלושים השנים הבאות סיינטולוגיה התרחבה באופן דרמטי והפכה לדת עולמית. כמו כל דת, סיינטולוגיה ממוקמת במקומות ספציפיים של סגידה. הארגון החברתי של ארגון הסיינטולוגיה הבינלאומי מבוסס על היררכיה של חמישה סוגים שונים של מרכזים דתיים.
קודם כול, מרכזים של סיינטולוגיה מספקים שירותי מבוא ואודיטינג עד לרמה של קליר. למרות שמרכזים עוסקים בראש ובראשונה בהגעה לאנשים שאינם מכירים את סיינטולוגיה, הם גם מוסמכים להעביר את כל ה-"נתיבים אל הגשר" הבסיסיים. כאשר מרכז משיג גודל מספק, הוא יכול להפוך לארגון.
שנית, ארגוני סיינטולוגיה מספקים את כל האודיטינג, ההכשרה והשירותים הדתיים האחרים הזמינים במרכזים. עם זאת, ארגונים גם מציעים הכשרה מתקדמת לאודיטורים ויש להם את הסמכות להסמיך יועצים רוחניים. שירותי סופשבוע מתקיימים בקביעות.
שלישית, ארגוני סיינט-היל וארגונים מתקדמים הם מרכזים דתיים עבור אודיטינג והכשרה מתקדמים. מרכזים אלה, הממוקמים בסאסקס, קופנהגן, לוס-אנג'לס וסידני, מתמחים בטכנולוגיה דתית להשגת הרמות ההתחלתיות של Operating Thetan.
רביעית, ארגון השירות של פלאג, שממוקם בקלירווטר, פלורידה, הוא המטה הרוחני של ארגון הסיינטולוגיה הבינלאומי. המרכז מספק את כל השירותים הדתיים של סיינטולוגיה, לרבות רמות גבוהות יותר של הכשרה בתור Operating Thetan ואת הדרגה הגבוהה ביותר של הכשרה לאודיטורים.
חמישית, ארגון אוניית השירות של פלאג, אשר מנהל את מחלקת השירותים הטכניים על סיפון ה-Freewinds, אונייה באורך 440 רגל שבסיסה באיים הקאריביים, היא המרכז היחיד של סיינטולוגיה המציע את הרמה הגבוהה ביותר של אודיטינג. בנוסף, ארגון אוניית השירות של פלאג מספק קורסים מיוחדים ומקום מפלט דתי להתקדמות רוחנית.
היררכיה זו של מרכזים דתיים מתפקדת תחת סמכותו של ארגון האב בלוס-אנג'לס, ארגון הסיינטולוגיה הבינלאומי. בהיותו אחראי לשימור ולהפצת דת הסיינטולוגיה, ארגון הסיינטולוגיה הבינלאומי הקים כמה דיביזיות משניות. Golden Era Productions מפיקים ומפיצים מגוון רחב של הוצאות לאור, סרטים והקלטות. שתי חברות הוצאה לאור – Bridge Publications בלוס-אנג׳לס ו-New Era Publications בדנמרק – מטפלות בהוצאה לאור של ספרים של ל. רון האברד. למרות שזה נראה כמו מבנה מודרני של תאגיד, ארגון דתי זה משרת אינטרסים דתיים על-ידי פיקוח על השימור וההתרחבות של דת הסיינטולוגיה בכל רחבי העולם.
בנוסף לשימור ולהפצה של הטכנולוגיה הדתית שלה, סיינטולוגיה פיתחה מגוון רחב של שירותים לציבור בתחומים של גמילה מסמים, שיקום עבריינים, מינהל עסקים וחינוך.
בהיותו מסור לשימור כתבי הקודש והטכניקות הדתיות של סיינטולוגיה, Religious Technology Center רושם את הסימנים המסחריים וזכויות היוצרים של סיינטולוגיה ומפקח על השימוש בהם. מתוקף תפקידו של שמירה על טוהר הדת, Religious Technology Center שומר על הטוהר של כתבי הדת ומוודא שהשירות בארגונים מבוצע על בסיס אתי.
מחוץ להיררכיה של הדת, Church of Spiritual Technology נוסד ב-1982 כדי להבטיח את ההישרדות של הדת על-ידי שימור כתביו של ל. רון האברד על חומרים שאינם ניתנים להכחדה. תוך שהוא מציין שמתייחסים לכתבים אלה כאל כתבי קודש, Church of Spiritual Technology פיתח אמצעים שונים של שימור, לרבות חריטת טקסטים של האברד על לוחות פלדת אל-חלד המאוחסנים במיכלי טיטניום, אשר מבטיחים הישרדות קבועה של מסמכי היסוד של דת הסיינטולוגיה. בדרך זאת, Church of Spiritual Technology לקח על עצמו את האחריות להגן על כתבי הקודש של סיינטולוגיה מפני "כל קטסטרופה שניתן לחשוב עליה כדי שדורות העתיד, אפילו שבטי פראים משוטטים אלפי שנים מעכשיו, יקבלו את הכתבים כדי להקים את הדת לתחייה".32
בנוסף לשימור ולהפצה של הטכנולוגיה הדתית שלה, סיינטולוגיה פיתחה מגוון רחב של שירותים לציבור בתחומים של גמילה מסמים, שיקום עבריינים, מינהל עסקים וחינוך. נרקונון מספק שירות ותמיכה כדי להפחית את השימוש בסמים; קרימינון עובד עם עבריינים שהורשעו כדי למנוע מהם לחזור לכלא; תוכנית 'הדרך אל האושר' תומכת בפיתוח של מוסריות אישית ואתיקה חברתית; והארגון ליישום הלמידה מספק תוכניות חינוכיות ללמידה ושיטות לימוד. דרך תוכניות אלה ואחרות, סיינטולוגיה מרחיבה את שליחותה הדתית אל שירותים חברתיים.
אולם מרכז המיקוד של סיינטולוגיה נשאר שליחותה הדתית. כפי של. רון האברד התכוון, סיינטולוגיה תוכננה על בסיס של ארגון דתי ברחבי העולם. לא כל "התנועות הדתיות החדשות" הרגישו בנוח עם הזיהוי שלהן בתור דתות. לדוגמה, מדיטציה טרנסצנדנטלית, שנוסדה על-ידי מאהראשי מאהש יוגי, התעקשה שהיא לא דת; זה היה ארגון חילוני שהציע אך ורק טכניקה מדעית להפחתת מתח.33 אבל סיינטולוגיה תמיד היתה ברורה לגבי מעמדה כארגון דתי. סטאטוס זה אושר בכל רחבי העולם על-ידי ממשלות שהעניקו לסיינטולוגיה את אותם הכרה החוקית ופטור ממס שהוענקו לכל דת.